Sau 3 năm kể từ phần một, nay Thế Giới Số lại gặp biến cố mới. Một kẻ tự xưng là Digimon Kaiser xuất hiện với âm mưu thống trị Thế Giới Số. 3 đứa trẻ được tuyển chọn mới phải cùng hợp sức với 8 đứa trẻ ...
Một nhóm 7 cô cậu bé tham dự trại hè bị cuốn vào một thế giới song song gọi là Thế giới số (Digital World). Bỡ ngỡ trước một thế giới xa lạ, cả bọn trẻ gặp được các Digimon đang chờ đợi ...